中华人民共和国南京海关于1979年1月1日 正式成立。这是党的十一届三中全会召开以后，我国在长江内河设立的海关机构。经过30多年的发展，南京海关各项工作取得显著进步，已步入海关系统大关行列。南京海关直属海关总署领导，现为正厅（局）级海关,负责江苏全境的监管、征税、打私、统计等海关业务。关区现下辖金陵、苏州、苏州工业园区3个副厅级海关，22个正处级海关、8个正处级办事处、15个副处级办事处、15个缉私分局，代管海关总署苏州教育培训基地；机关内设1个副厅局级机构、17个正处级机构，下设2个事业单位和1个正处级派驻机构。关区现有关警员2993名。与此同时，南京海关始终坚持全面从严治党、从严治关，打造了一支政治坚强、业务过硬、值得信赖的海关准军事化纪律部队。